El español, que salía desde el cuarto puesto en la formación de salida, consolidó su carrera cuando logró salir indemne de la primera curva tras Kubica, que había ganado cinco puestos. Su astucia para saberse colocar en la parte interior de la curva y su pericia para saber aguantar después el ritmo de carrera hicieron que por fín nuestro campeón, a pesar de llevar un coche con prestaciones inferiores a sus rivales demostrará porque tiene dos titulos en su palmarés.
La carrera
Los dos Mclaren-Mercedes, llegaron muy pasados a la primera curva y obligaron a Raikkonen (Ferrari) y a  Massa a salirse de la pista para evitar la colisión y dejaron tras de sí el caos, cuyas primeras víctimas serían el británico Coulthard (Red-Bull), Nakajima (Williams-Toyota) y Glock (Toyota).
En la segunda vuelta Felipe Massa embistió a Lewis Hamilton, que le había superado antes de la chicane. El inglés hizo un trompo y se reincorporó a la carrera en última posición, tras lo cual varió su estrategia y en entró en boxes para realizar su primera parada. Ambos pilotos fueron sancionados posteriormente con un paso por la calle de garajes, Massa por su toque con Hamilton y éste por provocar el caos en la primera curva.
Mientras en cabeza Robert Kubica no lograba distanciarse de Fernando Alonso y cuando se detuvo por primera vez a repostar su ventaja era de tan sólo 1.4 segundos, a partir de ese momento el español aumentó su velocidad hasta ganarle la posición en los boxes con un repostaje más corto.
A partir de ese momento, Fernando Alonso tenía la victoria más cerca, porque era el hombre más rápido en pista. En su segundo repostaje volvió a salir a la pista con una ventaja suficiente como para no ser inquietado en las últimas vueltas y se aprovechó además del duelo que detrás mantenían Kubica y Kovalainen por el segundo puesto, a los que se llegó a unir el brasileño Nelson Piquet (Renault), que completaba un fin de semana sensacional para la marca del rombo.
Al final Alonso, despúes de haberlo hecho hace quince días en Singapur, lograba una fantástica victoria.

Clasificación Final GP F1 Japon
1 Fernando Alonso (Renault)  1:30:21.892 
2 Robert Kubica (BMW-Sauber)  + 5.283 
3 Kimi Räikkönen (Ferrari)  + 6.400

4 Nelsinho Piquet Jr  Renault  20.570 
5 Jarno Trulli  Toyota  23.767 
6 Sebastien Vettel  Toro Rosso  39.207 
7 Felipe Massa  Ferrari  46.158 
8 Mark Webber  Red Bull  50.811 
9 Nick Heidfeld  BMW-Sauber  54.120 
10 Sebastien Bourdais  Toro Rosso  1:00.085 
11 Nico Rosberg  Williams  1:02.096 
12 Lewis Hamilton  McLaren Mercedes  1:18.900 
13 Rubens Barrichello  Honda  a 1 vuelta 
14 Jenson Button  Honda  a 1 vuelta 
15 Kazuki Nakajima  Williams   

Clasificación General
1 Lewis Hamilton (McLaren)  10 4 0 6 8 10 0 0 10 10 4 8 6 2 6 0   84
2 Felipe Massa (Ferrari)  0 0 10 8 10 6 4 10 0 6 0 10 10 3 0 2   79
3 Robert Kubica (BMW-Sauber)  0 8 6 5 5 8 10 4 0 2 1 6 3 6 0 8   72
4 Kimi Räikkönen (Ferrari)  1 10 8 10 6 0 0 8 5 3 6 0 0 0 0 6   63
5 Nick Heidfeld (BMW-Sauber)  8 3 5 0 4 0 8 0 8 5 0 0 8 4 3 0   56
6 Heikki Kovalainen (McLaren)  4 6 4 0 0 1 0 5 4 4 10 5 0 8 0 0   51
7 Fernando Alonso (Renault)

Clasificación por escuderias 
1 Ferrari  1 10 18 18 16 6 4 18 5 9 6 10 10 3 0 8   142
2 McLaren  14 10 4 6 8 11 0 5 14 14 14 13 6 10 6 0   135
3 BMW-Sauber  8 11 11 5 9 8 18 4 8 7 1 6 11 10 3 8   128
4 Renault  5 1 0 0 3 0 0 3 3 8 8 0 5 5 10 15   66
5 Toyota  0 5 3 1 0 0 8 6 2 0 10 6 0 0 5 4   50
6 Toro Rosso  2 0 0 0 0 4 1 0 0 1 0 3 6 10 4 3   34
7 Red Bull  0 2 2 4 2 5 6 3 0 0 0 0 1 1 2 1   29
8 Williams  9 0 1 2 1 2 0 0 1 0 0 1 0 0 9 0   26
9 Honda  0 0 0 3 0 3 2 0 6 0 0 0 0 0 0 0   14
10 Force India  0 
11 Super Aguri  0